Летом 2002 года, без видимой причины на Земле одновременно погибли все живущие млекопитающие мужского пола. Человеческая популяция моментально сократилась примерно наполовину. В живых остались только двое носителей Y-хромосомы – молодой фокусник-эскапист Йорик Браун и его ручная обезьянка-капуцин Амперсанд.
В этих новых условиях Йорик не выжил бы, став разменной монетой в политических играх или случайной жертвой от рук новых властительниц планеты. Если бы не агент 355. Под её защитой носитель драгоценной хромосомы не без происшествий совершает путешествие через североамериканский континент, а затем отправляется за океан, чтобы спасти Амперсанда.
Во вторую книгу вошли выпуски комикса с 21 по 40, оригинальные сценарий выпусков 32 и 36 от Брайана К. Вона, карандашные наброски к последнему, выполненные художником Гораном Суджукой, а также галерея оригинальных обложек делюкс-издания «Y. Последний мужчина», несколько ранее не публиковавшихся рисунков от приглашённого художника Горана Парлова, примечания от переводчицы Екатерины Доброхотовой-Майковой и биографии творческого коллектива авторов, работавших над комиксом.