«Хеллсинг» — организация, созданная англиканской церковью для защиты Британской империи и самой королевы от нежити и других сверхъестественных сил, возглавляемая Королевским орденом протестантских рыцарей. Первым руководителем организации был Абрахам Ван Хельсинг, вымышленный персонаж романа Брэма Стокера «Дракула», врач родом из Дании, специалист по оккультизму, отсылка на имя которого содержится в названии организации и самого произведения. Во время событий основного сюжета организацию возглавляет Интегра Фэйрбрук Уингейтс Хеллсинг (окружающие обращаются к ней «сэр Интегра», несмотря на то что она женщина). Леди Интегра унаследовала руководство организацией в юном возрасте после смерти её отца, Артура. Вторым возможным наследником был брат Артура, Ричард. При попытке убийства первой наследницы Ричард по стечению обстоятельств пробуждает сильнейшее оружие и главное наследие семьи Хеллсинг, вампира Алукарда. Алукард — это сам граф Дракула, который после поражения Ван Хельсингу поклялся служить людям. После пробуждения Алукард называет Интегру своей госпожой, и в итоге Ричард был застрелен самой Интегрой не без помощи Алукарда. Эти события оказали сильное влияние на характер Интегры, сделали её мужественной и непоколебимой. Также Интегру защищает дворецкий семьи Хеллсинг Уолтер К. Дорнез, бывший оперативник Хеллсинга. В начале истории к организации невольно присоединяется бывший офицер полиции Виктория Серас, которую Алукард обратил в вампира в ходе одной из операций.
С развитием истории атаки нежити учащаются, сэр Интегра узнаёт о фашистской группировке «Миллениум», до сих пор существующей и пытающейся возродить Третий рейх, создав батальон вампиров. «Хеллсинг», «Миллениум» и XIII отдел Ватикана «Искариот» разворачивают трёхстороннюю войну на улицах Лондона, а «Миллениум» раскрывает свою главную цель: победить вампира Алукарда в противостоянии, начавшемся ещё во время Второй мировой войны и захватить Англию.