«Человеко-машинный интерфейс» – продолжение истории Мотоко Кусанаги, главной героини предыдущей части манги. События здесь разворачиваются спустя примерно четыре года и пять месяцев после того, как Мотоко совершила слияние с самопровозглашенной искусственной формой жизни и ушла из Девятого отдела Службы общественной безопасности. Так что это не продолжение истории Отдела, а больше история самой Мотоко, которая спустя несколько лет работает в качестве специалиста по безопасности на огромный конгломерат «Посейдон Индастриал» и зовёт себя теперь не Кусанаги, а Арамаки.
Мотоко подобно рыбе в попутном потоке ныряет в глубины Сети, а если ей нужно подняться на поверхность и сделать что-либо в реальном мире, она использует одно из тел, расположенных в разных точках. Идеальное слияние оцифрованного сознания, человеческой души и машинных оболочек. И вот где-то в недрах этого сложного интерфейса назревает некое занесённое извне возмущение, чем заинтересовалась Тамаки Тамаи, следователь-медиум Центра экстрасенсорики. Она намерена вяснить, кто такая или что такое на самом деле Мотоко…